1997年4月，施一公还未完成博士后研究课题，就被普林斯顿大学分子生物学系聘为助理教授。
2003年，施一公晋升为终身正教授，成为普林斯顿大学分子生物学系历史上最年轻的终身正教授，后来又成为最年轻的讲席教授。
同年，他还被国际蛋白质学会授予“鄂文西格青年科学家奖”，成为了第一位获得该奖项的华裔学者。
事业上升期全职回国 男子汉大丈夫如果把钱作为最重要的东西去奋斗，全完蛋了
在美国，施一公有着广阔的事业发展前景和优越的生活条件，但是2007年，40岁的他却作出了一个让许多人不解的决定：全职回国，回到母校清华大学。
记者：你自己要回来的？
施一公：对。普林斯顿大学方面认为我回国就是因为拿钱拿得更多了，待遇更好了。我可以毫不犹豫地讲，为这个百分之一万我也不回国。我从来没把这个东西放在眼里，不仅当时没放在眼里，就连我穷困潦倒的时候，做博士生拿几百块美元收入的时候也没放在眼里。钱重不重要？重要，但是我认为男子汉大丈夫把钱作为最重要的东西去奋斗，全完蛋了。
记者：那你为什么回来？
施一公：改变我的母校，改变清华的学生，希望三分之一的清华学生能够在个人奋斗实现自我价值的时候，脑子里有一个大我。
在施一公的成长过程中，小我与大我的冲突一直存在。尤其是在国外，这种冲突往往来得更加剧烈，也是促成他回国的原因之一。
施一公：我当时去英国使馆签证很受刺激，一进去看排队，那些签证官爱答不理，填表一次不行打回来再去一次，他不尊重你。你不是口口声声民主自由人权，为啥不尊重我呢？这种感觉非常非常鲜明，那就是如果你国家穷是被人看不起的，对不起，就这么简单。所以像我这样的人，怎么可能会不回国呢？
在清华大学担任生命科学学院院长的7年里，施一公带领清华生物学科取得长足进步，在结构生物学领域居于世界领先地位。2009年之前的25年里，清华大学生命学科在《科学》和《自然》期刊一共只发表过一篇文章，而在2009年之后的八九年间，清华大学却在这两本顶级期刊上发表了80多篇文献，通讯作者、第一作者均来自清华大学，这几乎可以说是大学发展的奇迹。
2015年，施一公率领团队解析了超高分辨率的剪接体三维结构，这一成果被业界称为近30年来，中国在基础生命科学领域对世界科学作出的最大贡献。
走出象牙塔 科学家自己去找钱 怎么找？
施一公说，他前四十年做了一件事，就是成家立业；又用了十年做了第二件事情，就是帮助母校清华大学迅速地发展生命学科，参与创建了两个学院，扩大了一个学院。而这两件事情，都是为了第三件事情，也是这辈子最大的一件事情——创立西湖大学做准备。
2015年，施一公联合饶毅以及南方科技大学校长陈十一、中国科学技术大学常务副校长潘建伟、清华大学经济管理学院院长钱颖一等人，向国家领导人提交了《关于试点创建新型民办研究型大学的建议》。施一公如此描述理想的大学：“我们希望五年以后、十年以后，这里可以聚拢一大批世界顶尖的科学家，在这里从事最尖端的科学研究，做出最有意义的科学成果，培养最优秀的青年学生，用自己的才智尽情地探索科学知识前沿，推动人类进步，造福全世界”。
他们的建议很快就得到批复。因为西湖大学是一所社会力量举办、国家重点支持的非营利性的新型高等学校，所以，寻找资金成了施一公办学的第一要务。
记者：我特别想知道你一个学术背景的人要跟社会求钱，这是个什么过程？
施一公：非常尴尬，我有时候真想是考一考，如果考第一得到的捐钱多我就考去了。因为从来没有跟人要过钱，书生气息浓重，扭扭捏捏就是说不出口。
记者：那段时间脑子里全是钱吧？
施一公：全是钱，甚至一看，有些网红拍个照片放网上，一下载然后可以挣钱。我在想，天，什么时候我有这个能耐就好了。
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